微生物污染的原因可分为2个阶段：实验准备阶段和实验操作过程。准备阶◆段的原因包括：实验耗材灭菌不彻底；细胞房清洁度不够，增加微生物污染风险；超净台洁净度不够，消毒不够≡彻底，紫外线没有预先照射足够时间，表面没有用酒精擦拭；没有带无菌乳胶手套；试剂本身已经污染，没有检测出来。实验操作中的污染，往往是不够严谨，粗心●大意造成，如：手从无菌试剂的上方经过；移液器操作不当，液体接触到移液器前端；移液管吸液过猛；枪头没有更换，交叉污染等。
不同的微生物污染物对细胞的影响也有差别，微生物中支原体和病毒对细胞影响是长期的、缓慢的和潜在的；而霉菌和细菌增殖迅速，能在很短的时间内抑制细胞生长或产生有毒物质杀灭细胞。
常见【的微生物污染源主要包括以下几类：
霉菌污染：种类很多，污染多是曲霉菌，白色念珠菌，酵母菌，黑霉菌，孢子菌等。霉菌污染后多数在培养液中形成淡黄色或是白色的漂浮物，一般肉眼可见，较易被发现，短期内培养液多不变混浊。倒置显微镜下可以看见细胞之间有纵横交错穿行的丝状，树枝状或管状菌丝，并漂浮在培养液中。很多菌丝在高倍镜下可以看见链状排列的菌株。念珠菌及酵母菌菌株呈卵圆形，散⊙在细胞上及细胞周边生长。
处理：确认是霉菌污染，如果细胞种类不是特别的珍贵，直接放弃，并将实验环节彻底消毒；万不得已，可以尝试抗霉菌素如两性霉素B来清除污染。
细菌污染：细菌污染较常见的有大肠杆菌，白色葡萄球菌，假单孢菌等。加用抗菌素的培养液可预防和排除个别一般少量细菌的污染。一旦发生细菌污染很容易发现，多数情况下培养液短时间内变黄，表明有大量酸性物质产生，出现明显浑◎浊现象；有时静置的培养液起初不混，但稍加震荡，就有许多混浊物漂起。倒置显微镜下观察，可见培养液中有大量圆球状颗粒物漂浮，有时在细胞表面及周围有大量细菌存在，细胞停止生长并有中毒表现。必要时可取少量培养液涂片染色检查以明确细菌种类；有的培养液改变不明显而有疑似污染，亦可向肉汤培养基内地入少量培养液，37度培养以检测。
处理：一般用抗生素的常用量的5~10倍作冲击疗法，用药24~48小时后再换常规培养液，有时在早期污染ω时此法有效。
支原体污染：支原体是一种大小介于细菌和病毒之间(最小直径0．2um)并独立生活的微生物．约有1%可通过滤菌器。支原体无细胞壁形ω 态呈高度多形性．可为圆形、丝状或梨形。
支原体形态多变，在光境下不易看清内部结构。多数支原体适合于偏碱条件下生存(PH7．6—8．0)，对酸耐受性差。对热比较敏感，对一般抗生▂素不敏感。支原体污染细胞后．培养液可不发生混浊．多数情况下细胞病理变化轻微或不显著，细微变化也可由于传代、换液而缓解，因此易被忽视。但个别严重者，可致细胞增殖缓慢．甚至从培养器皿脱落。
为确定有无支原体污染可做荧光染色法：用能与DNA特异性结合的荧光染料，可使支原体内含有的DNA着色，染色后用荧光显微镜观察。
处理：市场上有多种支原体清除的试剂盒，效果比较好。
细①胞污染和细菌污染不同，细胞污染是由于在培养过程中各种细胞同时进行，而所用器具或液体混杂使用所致。这种污染没有微生物存在，但使培养细胞不同种类之◣间发生混乱，细胞生长特性，形态发生变化。污染过的细胞由于种类不纯，无法进行实验研究。
防治及处理：在进行多个种类细胞培养操作时，所有器具要严格区分╱，对每一种细胞按顺序进行操作，避免一起操作时造成的混乱；进行换液或传代操作时，滴管或枪头要及时更换，避免把细胞带到培养液瓶中；所有从别处转来的或是自己所建的细胞系都要早期留有的充足的冻存储备，一旦怀疑发生交叉污染，可做细胞遗传学方面的鉴定，如发现原有的细胞遗传物发生改变，可以复苏早期冻存的细胞使用。
